Augalai – neatsiejama kiekvieno sodo dalis. Nors japoniško stiliaus sode didžiausias akcentas skiriamas akmenims, takams ir vandens telkiniams, be augalų tikrai neišsiverčiama.
Tradiciškai šie sodai skirti grožėjimuisi, emocinio ryšio su gamta ir dvasingumo palaikymui. Tačiau praktiškumo poreikis iš Europos bei Amerikos pasiekė ir Japoniją, todėl neretai ir šiuolaikiniuose soduose atsiranda staleliai pietavimui, įrengiama veja laisvalaikio praleidimui.
Japoniško stiliaus sodai siekia atkartoti gamtą. Todėl, norint įsirengti tokį savo kieme, nereikėtų bandyti sukurti gamtos ar to, ko ten rasti natūraliai neįmanoma.
Kiekvienas elementas šiame sode turi savo aiškią ir apibrėžtą prasmę. Medžiais ir visais kitais augalais siekiama išryškinti kiekvieną metų sezoną ir atkreipti dėmesį į nuolatinę laiko tėkmę. Tam pasirenkami labai charakteringų bruožų, tačiau su visa supančia aplinka derantys, augalai. Soduose gausu spygliuočių medžių, kurie yra laikomi amžinybės simboliu. Šie visžaliai augalai ypatingą vietą užima žiemos laikotarpiu, kada beveik apmirusiam sodui suteikia gyvybės pojūtį. Tradiciniuose soduose galime sutikti ne tik natūralių formų medžius bet ir formuotus bei bonsai tipo augalus. Jie dažniausiai sutinkami mažesnėse erdvėse, kur ypač dideli ir natūralių formų medžiai tiesiog netilptų. Tačiau, jei tik mažas plotas neriboja, reikėtų rinktis didelių medžių sodinimą. Čia taip pat mėgstami stambūs formuoti medžiai, dar vadinami debesų medžiais (topiary). Jiems taip pat stengiamasi suteikti natūralesnes, apvalias ar laiptuotas formas. Kvadratiniai ar gyvūnų formų medžiai čia vargu ar ras savo vietą ir tiks į bendrą sodo stilistiką.
Lapuočiai japoniško stiliaus sode taip pat labai mėgiami. Jie pabrėžia laikinumą ir trapumą. Tam puikiai tinka vyšnios (sakuros), slyvos ir migdolai. Jų žiedai – išskirtinio grožio ir sužavi visus. O po poros savaičių apie juos lieka tik prisiminimas. Šiems medžiams tinkamiausia vieta yra prie vandens telkinio. Maži rausvi žiedlapiai atsispindėję arba plūduriuojantys vandenyje tampa pagrindiniu pavasario akcentu.
Rudenį svarbesni tampa lapuočiai, keičiantys lapų spalvą. Tai klevai, ginkmedžiai, puošmedžiai ir gluosniai. Spalvingiausi ir puošniausi jie būna rudenėjant, kada visi lapai tampa sodriai raudoni ar geltoni. Tačiau vasaros metu taip pat atrodo gražiai ir puošniai. Jų lapų spalva šviesesnė ir švelnesnė nei spygliuočių, todėl šie sudaro kontrastą, suteikia sodui šviesumo.
Dar viena augalų paskirtis sode – sujungti kitus elementus į visumą ir pabrėžti svarbiausius akcentus. Vandens augalai iškart pritraukia dėmesį į vandens telkinius, smulkūs augalai padeda pabrėžti takus, o stambūs medžiai ir krūmai aiškiai suformuoja teritorijos ribas. Visiems sodo augalams reikia parinkti tinkamą vietą. Svarbu, kad jie neužgožtų ir neuždengtų vienas kito, o skirtingu metų laiku galėtų tapti pagrindiniu akcentu.
Tradiciniuose japoniškuose soduose žemės danga yra padengiama samanomis. Jos puikiai auga ten kur yra drėgna ,o apšvietimas menkas. Jeigu Jūsų sode būtent tokios sąlygos galite rinktis samanų paklotę. Tačiau gyvenantys sausesnėse smėlėtose teritorijose ar gerai apšviestose vietose drąsiai gali sėti veją. Nors ji vadinama tradiciško angliško sodo elementu po truputi atkeliauja ir į japoniškus sodus. Dėl savo įvairovės ir priežiūros, tanki, išpuoselėta žolė daugeliui bus malonesniu, neretai ir paprastesniu, pasirinkimu.