Tai dygliuotas, dažniausiai 10-15 metrų aukščio medis. Natūraliai tačiau negausiai auga ir Lietuvos miškuose, dažniausiai miškinė obelis sutinkama mišriuose ir lapuočių miškuose, derlinguose, drėgnuose dirvožemiuose. Nauji ūgliai būna raudonos spalvos, viršūnėje dažnai turi dygliuką. Lapai ovalūs, 3-7 cm ilgio ir 2-6 cm pločio. Pražysta skleidžiantis lapams, gegužės mėnesį, o vaisius, visiems gerai pažįstamus obuolius, subrandina rugsėjo – spalio mėnesiais. Vaisiai vos 2-3 cm skersmens, labai rūgštūs todėl žmonių valgomi retai, tačiau itin mėgstami laukinių gyvūnų. 

Auga lėtai, gyvena apie 150 metų, derėti pradeda apie 10 metus.